123.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: NC_018365 Parameters: 2 7 7 80 10 50 500 Length: 121394 Tables: 1 2 This is table 1 of 2 ( 145 repeats found ) Click on indices to view alignment Table Explanation --------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ----- ---- ---- --------- Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 292--348 9 6.3 9 97 0 96 10 64 3 21 1.39 351--414 11 5.8 11 98 0 119 26 1 62 9 1.35 677--702 6 4.3 6 100 0 52 84 15 0 0 0.62 1379--1426 9 5.3 9 94 0 87 20 0 66 12 1.24 2636--2665 15 2.0 15 100 0 60 46 0 13 40 1.43 2760--2789 11 2.7 11 94 0 51 30 3 56 10 1.48 7613--7653 21 2.0 21 100 0 82 39 19 19 21 1.93 7604--7677 31 2.3 32 86 6 98 36 21 22 18 1.95 7789--7839 9 5.7 9 95 0 93 9 66 0 23 1.21 7842--7868 11 2.5 11 100 0 54 29 0 62 7 1.22 9308--9351 9 4.9 9 100 0 88 11 68 0 20 1.20 9354--9418 11 5.9 11 100 0 130 27 7 55 9 1.59 13991--14058 21 3.2 21 100 0 136 33 23 8 33 1.86 15054--15116 33 1.9 33 90 0 99 14 30 30 25 1.95 15053--15128 33 2.3 33 83 0 98 13 30 32 23 1.93 15052--15128 11 7.0 11 83 0 82 12 29 32 24 1.93 15449--15483 8 4.4 8 88 0 52 14 34 11 40 1.82 16259--16307 9 5.3 9 92 2 71 36 12 28 22 1.90 16259--16317 27 2.1 28 81 3 66 37 11 27 23 1.90 17643--17693 10 5.1 10 82 0 57 56 3 25 13 1.54 18061--18135 24 3.2 24 90 5 109 72 16 0 12 1.13 18227--18276 6 8.3 6 95 0 64 40 6 34 20 1.77 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 18301--18353 21 2.5 21 93 0 88 33 28 26 11 1.91 18301--18353 10 5.0 11 72 9 56 33 28 26 11 1.91 18448--18520 11 7.0 11 84 6 64 13 57 2 26 1.50 18433--18466 15 2.2 16 89 5 52 8 70 0 20 1.13 18454--18512 20 3.0 20 75 9 75 15 57 1 25 1.47 18454--18513 10 5.9 10 82 7 59 15 58 1 25 1.46 18523--18559 9 4.1 9 100 0 74 21 0 67 10 1.21 19107--19141 14 2.5 14 90 0 52 8 54 22 14 1.67 23287--23342 5 11.2 5 100 0 112 39 0 0 60 0.97 25371--25414 6 7.3 6 94 0 79 15 2 0 81 0.78 32361--32395 19 1.9 17 88 11 52 14 60 8 17 1.58 33664--33690 1 27.0 1 100 0 54 0 100 0 0 0.00 34654--34697 17 2.6 17 82 7 54 77 2 0 20 0.88 34865--34911 11 4.3 11 97 0 76 8 59 4 27 1.45 34914--34955 9 4.7 9 100 0 84 21 0 66 11 1.23 35236--35262 5 5.4 5 100 0 54 59 0 0 40 0.98 35296--35337 14 2.9 14 86 10 50 71 2 2 23 1.10 35286--35333 22 2.2 22 84 0 60 70 2 2 25 1.09 35403--35432 9 3.3 9 100 0 60 10 66 0 23 1.21 37114--37174 5 11.6 5 79 10 50 68 0 0 31 0.89 37116--37171 6 10.3 6 81 18 61 73 0 0 26 0.84 37115--37172 15 4.1 15 78 19 70 70 0 0 29 0.87 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 37122--37174 10 5.6 10 80 15 60 71 0 0 28 0.86 37114--37171 21 2.8 21 86 0 89 70 0 0 29 0.87 37114--37171 11 5.5 11 83 8 75 70 0 0 29 0.87 37115--37172 26 2.2 26 90 0 89 70 0 0 29 0.87 37589--37630 6 7.2 6 91 5 68 50 14 0 35 1.43 37589--37630 17 2.4 18 88 8 68 50 14 0 35 1.43 47124--47176 6 8.8 6 93 0 88 52 0 11 35 1.37 47125--47182 18 3.2 17 85 9 71 55 1 10 32 1.44 50019--50089 6 12.0 6 90 3 117 33 0 1 64 1.02 50023--50089 35 1.9 35 93 0 116 32 0 1 65 1.02 58497--58523 5 5.4 5 100 0 54 62 0 0 37 0.95 58521--58560 5 8.4 5 94 5 66 62 0 0 37 0.95 58593--58617 9 2.8 9 100 0 50 12 36 28 24 1.91 58708--58738 11 2.8 11 100 0 62 9 61 0 29 1.28 58818--58854 17 2.1 18 90 5 58 70 5 2 21 1.20 61049--61077 14 2.1 14 100 0 58 79 0 0 20 0.74 61063--61116 21 2.6 22 74 11 60 64 3 0 31 1.11 61086--61126 16 2.7 16 88 7 59 60 4 0 34 1.18 61727--61766 16 2.6 15 84 4 53 25 5 20 50 1.68 61948--61998 21 2.4 22 80 12 61 31 0 3 64 1.11 64294--64334 21 1.9 22 85 5 57 34 2 2 60 1.23 68853--68900 11 4.5 11 94 2 80 8 58 6 27 1.51 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 68903--68932 9 3.3 9 100 0 60 20 0 70 10 1.16 69695--69736 22 2.0 21 90 4 66 9 57 9 23 1.60 70846--70915 11 6.4 11 94 0 122 8 58 5 27 1.50 70918--70961 9 4.9 9 100 0 88 20 0 68 11 1.20 71021--71064 8 5.6 8 86 13 65 22 40 25 11 1.87 71697--71789 7 13.3 7 88 0 114 15 13 34 36 1.87 72012--72047 10 3.6 10 84 0 54 22 11 47 19 1.80 72525--72663 15 8.9 15 69 23 56 63 1 7 28 1.29 72536--72579 12 3.4 12 82 17 61 68 0 9 22 1.18 72527--72633 21 4.9 22 76 13 78 65 0 8 25 1.27 72525--72579 27 2.0 27 92 0 92 67 0 7 25 1.16 72592--72626 18 1.9 18 88 0 52 65 2 5 25 1.28 72662--72836 79 2.2 79 94 0 323 34 16 13 36 1.87 73071--73143 7 10.6 7 73 2 67 39 26 8 26 1.84 73071--73143 14 5.3 14 85 3 94 39 26 8 26 1.84 73310--73381 37 2.0 36 94 2 126 16 29 30 23 1.96 74710--74820 21 5.7 20 78 18 85 72 0 0 26 0.90 74729--74867 7 19.0 7 73 16 68 74 2 0 23 0.93 74705--74793 23 3.7 23 78 12 83 74 1 0 24 0.89 74705--74870 14 11.1 14 78 15 104 74 2 0 23 0.94 74811--74872 22 3.0 21 92 4 99 77 4 0 17 0.94 74711--74872 5 33.2 5 71 15 108 74 2 0 23 0.94 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 77918--77965 19 2.5 20 73 10 55 72 4 4 18 1.17 79755--79880 6 20.8 6 95 1 225 33 0 47 18 1.54 80864--80920 5 11.4 5 100 0 114 40 19 0 40 1.51 80987--81025 7 5.3 7 85 11 51 66 2 0 30 1.05 85379--85410 11 2.9 11 95 0 55 9 59 3 28 1.44 86055--86100 6 7.7 6 95 0 83 19 45 0 34 1.51 87158--87226 7 9.9 7 87 0 102 28 2 0 68 1.04 87329--87367 20 1.9 20 94 5 69 12 61 5 20 1.50 87333--87367 10 3.4 10 88 4 52 14 62 2 20 1.43 87454--87482 10 2.9 10 100 0 58 10 31 20 37 1.86 88477--88536 11 5.5 11 95 0 102 8 56 8 26 1.57 88539--88583 9 5.0 9 100 0 90 22 0 66 11 1.22 89334--89365 6 5.5 6 96 3 57 34 0 0 65 0.93 89475--89503 15 1.9 15 100 0 58 55 6 0 37 1.27 92088--92182 17 5.6 17 100 0 190 15 49 0 34 1.45 93811--93845 12 3.0 12 95 4 63 40 0 0 60 0.97 93867--93903 14 2.7 15 84 16 53 37 0 8 54 1.30 95017--95076 11 5.5 11 95 0 102 10 60 3 26 1.45 95079--95127 9 5.4 9 100 0 98 22 0 67 10 1.20 95475--95530 5 11.2 5 100 0 112 58 0 0 41 0.98 97028--97059 11 2.9 11 90 0 55 31 6 53 9 1.58 97328--97361 9 3.8 9 100 0 68 8 67 0 23 1.18 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 97364--97405 11 3.8 11 96 0 75 26 2 61 9 1.39 99399--99456 9 6.4 9 95 0 107 12 65 0 22 1.25 99459--99534 11 6.9 11 92 0 116 26 3 59 10 1.48 102743--102785 22 2.0 22 81 9 52 6 6 13 72 1.27 103201--103241 21 1.9 21 85 5 55 63 2 2 31 1.20 103238--103277 19 2.0 20 86 13 57 42 10 2 45 1.51 104132--104196 32 2.0 32 100 0 130 53 12 3 30 1.53 105962--106015 24 2.3 22 82 17 65 42 3 0 53 1.18 107622--107682 6 10.2 6 89 7 97 49 1 14 34 1.54 109173--109207 10 3.5 10 100 0 70 11 25 22 40 1.88 --------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ----- ---- ---- --------- Tables: 1 2