MN866115.1.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: MN866115.1 UNVERIFIED: Saraca asoca chloroplast sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 500 Length: 160003 Tables: 1 2 This is table 1 of 2 ( 123 repeats found ) Click on indices to view alignment Table Explanation ---------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- --------- Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 2476--2521 19 2.3 20 85 14 69 63 0 0 36 0.95 3519--3564 24 1.9 24 90 0 74 41 4 17 36 1.69 3711--3736 13 2.0 13 100 0 52 46 7 7 38 1.61 3890--3924 16 2.3 15 95 5 61 40 14 5 40 1.69 5813--5838 13 2.0 13 100 0 52 61 23 7 7 1.49 9496--9535 16 2.3 18 79 16 57 37 5 7 50 1.53 9502--9535 16 2.1 16 100 0 68 38 5 5 50 1.51 9702--9731 13 2.4 13 94 5 53 33 6 0 60 1.23 9761--9792 16 2.0 16 100 0 64 31 0 6 62 1.20 9798--9839 15 2.7 15 88 7 57 47 0 0 52 1.00 20982--21022 15 2.6 16 84 7 66 24 7 0 68 1.15 21027--21086 9 6.4 9 83 16 70 76 0 3 20 0.92 21027--21080 4 13.0 4 77 14 56 75 0 3 20 0.95 21032--21094 18 3.5 17 81 16 65 77 0 4 17 0.93 36636--36770 45 3.0 45 100 0 270 28 31 8 31 1.88 38063--38154 39 2.6 33 80 18 121 30 31 3 34 1.74 38076--38154 39 2.0 39 97 0 149 31 31 2 34 1.71 38082--38164 39 2.1 39 90 0 130 32 31 3 32 1.75 45740--45785 20 2.2 21 96 3 85 60 10 2 26 1.41 47344--47372 13 2.2 13 100 0 58 44 0 6 48 1.29 49259--49285 13 2.1 13 100 0 54 25 7 22 44 1.79 51189--51234 22 2.1 22 100 0 92 41 4 17 36 1.69 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 51758--51785 14 2.0 14 100 0 56 50 0 14 35 1.43 52488--52514 13 2.1 13 100 0 54 40 0 14 44 1.46 53670--53715 18 2.5 19 89 6 69 41 4 0 54 1.20 53678--53712 11 3.2 11 91 0 52 40 2 0 57 1.14 54034--54088 20 2.7 21 88 8 87 27 9 1 61 1.36 54046--54089 12 4.0 12 77 22 60 31 9 0 59 1.29 54145--54209 8 8.5 8 73 21 59 66 0 7 26 1.19 54165--54210 20 2.3 20 92 0 74 69 0 6 23 1.11 56130--56167 17 2.2 17 90 0 58 42 2 7 47 1.46 58944--58973 15 2.0 15 100 0 60 26 13 0 60 1.34 59320--59355 11 3.2 11 88 4 54 19 0 11 69 1.18 59411--59441 15 2.1 15 93 0 53 67 0 3 29 1.06 60182--60292 30 3.6 29 75 17 91 62 0 3 34 1.13 60226--60448 2 125.0 2 67 23 124 50 0 2 46 1.17 60362--60492 3 45.0 3 75 17 98 41 0 0 57 1.04 60331--60492 41 3.9 43 76 15 130 43 1 0 55 1.07 60362--60798 65 6.9 64 69 23 186 40 1 0 56 1.13 60361--60816 19 24.2 18 69 22 103 41 1 0 56 1.13 60363--60804 16 26.3 17 69 24 148 41 1 0 56 1.13 60539--60790 10 26.9 9 66 24 55 36 2 0 59 1.16 60610--60798 3 63.7 3 69 22 57 38 1 0 59 1.11 60635--60808 65 2.7 65 91 6 266 41 0 0 57 1.07 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 60637--60804 36 4.9 36 78 17 191 41 0 0 57 1.07 60813--60869 5 12.0 5 74 10 57 59 0 0 40 0.97 60832--60871 18 2.2 18 100 0 80 62 0 0 37 0.95 61003--61039 12 3.1 12 92 0 65 43 16 8 32 1.77 62374--62418 9 5.1 9 78 5 56 44 0 26 28 1.55 62374--62423 17 2.9 17 93 3 82 44 0 26 30 1.55 69673--69702 9 3.3 9 100 0 60 33 10 0 56 1.32 69696--69758 4 17.0 4 76 15 64 57 0 0 42 0.99 69698--69758 22 2.6 23 79 18 72 59 0 0 40 0.98 69702--69736 17 2.0 18 88 5 54 60 0 0 40 0.97 69697--69769 33 2.2 33 85 9 96 58 0 1 39 1.06 75581--75611 15 2.1 15 100 0 62 54 0 0 45 0.99 75621--75680 22 2.7 23 79 10 70 70 1 10 18 1.24 75776--75811 17 2.1 17 100 0 72 47 11 11 30 1.74 76539--76582 22 2.0 22 100 0 88 36 13 18 31 1.90 79558--79597 20 2.0 21 85 14 57 30 0 20 50 1.49 79815--79860 14 3.2 14 84 12 58 60 2 13 23 1.43 80365--80400 13 2.7 14 87 12 58 36 13 8 41 1.75 84267--84301 16 2.2 16 94 0 61 28 11 8 51 1.67 84941--85055 15 7.8 14 71 21 76 60 3 2 33 1.27 84939--85030 27 3.3 27 80 17 91 59 3 2 34 1.25 84945--85055 30 3.6 31 80 16 117 61 3 2 32 1.27 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 85018--85087 21 3.3 21 97 0 131 62 4 4 28 1.33 85169--85203 13 2.6 14 91 8 56 48 14 0 37 1.44 85197--85232 18 2.0 18 100 0 72 55 5 0 38 1.23 85184--85241 30 1.9 31 85 3 82 58 6 0 34 1.25 85251--85306 18 3.1 19 89 5 80 57 1 8 32 1.40 85253--85285 14 2.3 15 94 5 59 57 0 6 36 1.23 85258--85314 18 3.4 17 81 13 66 56 1 10 31 1.44 85456--85512 3 18.0 3 82 10 69 59 5 0 35 1.20 85456--85514 10 6.1 10 84 7 86 57 6 0 35 1.25 85451--85511 19 3.3 19 97 2 115 57 4 0 37 1.20 90968--90993 13 2.0 13 100 0 52 53 7 0 38 1.30 91292--91323 12 2.7 12 100 0 64 59 21 9 9 1.57 94876--94921 2 24.0 2 82 8 60 47 4 0 47 1.21 94946--94979 17 2.0 17 94 0 59 67 8 5 17 1.37 95111--95139 14 2.1 14 100 0 58 24 13 6 55 1.63 95293--95332 14 2.9 14 92 3 64 55 10 0 35 1.34 95294--95332 13 2.9 13 92 3 60 53 10 0 35 1.35 95459--95490 12 2.7 12 95 0 55 65 0 6 28 1.16 95506--95544 19 2.0 20 95 5 71 38 5 5 51 1.46 95571--95600 15 2.0 15 93 0 51 30 10 6 53 1.60 95665--95722 13 4.2 13 77 14 62 44 0 0 55 0.99 95664--95700 16 2.3 16 90 0 56 37 0 0 62 0.96 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 95663--95718 16 3.7 16 69 13 55 44 0 0 55 0.99 98667--98699 17 2.0 16 94 5 57 24 0 15 60 1.35 100331--100368 18 2.1 19 90 5 60 57 5 2 34 1.35 106072--106111 7 5.6 7 82 5 53 62 0 0 37 0.95 106252--106278 14 1.9 14 100 0 54 62 0 0 37 0.95 108344--108415 12 6.1 12 81 15 96 51 0 8 40 1.32 108345--108386 21 2.0 21 100 0 84 52 0 4 42 1.22 108361--108423 26 2.4 26 94 2 108 53 0 9 36 1.33 108454--108510 22 2.5 22 88 2 78 38 10 7 43 1.66 109794--109822 12 2.3 13 94 5 51 13 17 3 65 1.40 112852--112881 2 15.0 2 92 0 51 46 0 0 53 1.00 113743--113780 19 2.0 19 85 10 51 68 0 2 28 1.03 113742--113786 13 3.7 13 80 17 51 68 0 4 26 1.08 115911--115939 11 2.6 11 100 0 58 58 6 10 24 1.55 116948--117011 20 3.4 20 81 14 82 57 3 4 34 1.35 116980--117036 27 2.1 28 81 15 66 61 7 0 31 1.23 117020--117066 22 2.1 22 84 7 60 68 2 2 27 1.13 117128--117166 21 1.9 21 89 5 62 33 23 7 35 1.83 117434--117468 18 2.0 17 88 5 52 45 17 0 37 1.48 118999--119065 9 7.8 9 76 17 54 43 1 5 49 1.36 118997--119062 14 5.1 14 75 18 63 43 1 6 48 1.36 118997--119062 20 3.5 20 84 11 79 43 1 6 48 1.36 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 128751--128794 16 2.7 16 92 3 70 27 4 0 68 1.09 128893--128923 14 2.2 14 100 0 62 32 0 0 67 0.91 128896--128941 14 3.0 15 87 9 58 34 4 2 58 1.30 128899--128971 21 3.7 21 72 22 68 31 8 2 57 1.42 141329--141414 39 2.2 39 91 0 136 32 3 30 33 1.75 141339--141430 39 2.6 33 80 18 121 34 3 31 30 1.74 141339--141417 39 2.0 39 97 0 149 34 2 31 31 1.71 142723--142857 45 3.0 45 100 0 270 31 8 31 28 1.88 158399--158448 17 2.9 17 81 18 59 18 4 0 78 0.91 158399--158461 18 3.4 18 81 12 67 17 4 0 77 0.93 ---------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- --------- Tables: 1 2