NC_045052.1.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html
Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.
Sequence: NC_045052.1 Valeriana officinalis isolate B267 chloroplast, complete genome
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length: 151505
Tables: 1
This is table 1 of 1 ( 117 repeats found )
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Table Explanation
----------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- ---------
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
1680--1782 51 2.0 51 100 0 206 34 21 5 37 1.78
1689--1769 25 3.2 25 61 22 60 35 22 4 37 1.76
3341--3426 42 2.0 42 100 0 172 31 20 17 30 1.96
3738--3768 15 2.1 15 100 0 62 41 19 19 19 1.90
3938--3971 16 2.1 16 100 0 68 44 8 17 29 1.79
4613--4660 23 2.1 23 100 0 96 29 18 8 43 1.79
4956--4980 12 2.1 12 100 0 50 68 8 0 24 1.16
6189--6472 149 1.9 149 100 0 568 34 16 12 35 1.87
6580--6740 81 2.0 81 100 0 322 36 31 11 21 1.88
6787--7134 180 1.9 180 100 0 696 34 12 19 33 1.89
7318--7363 20 2.3 20 100 0 92 50 8 8 32 1.64
8062--8230 84 2.0 84 100 0 338 34 22 18 24 1.96
10325--10368 20 2.2 20 96 4 81 31 18 9 40 1.81
10325--10378 20 2.7 20 91 0 72 35 18 7 38 1.79
14817--14842 13 2.0 13 100 0 52 23 7 38 30 1.83
17080--17105 13 2.0 13 100 0 52 38 7 15 38 1.76
21379--21410 15 2.1 15 100 0 64 34 18 6 40 1.76
27696--28169 237 2.0 237 99 0 930 33 15 16 33 1.91
28478--28523 22 2.1 22 100 0 92 32 13 26 28 1.93
29030--29111 41 2.0 41 100 0 164 26 19 9 43 1.82
29394--29476 41 2.0 41 100 0 166 28 10 31 28 1.91
28938--29569 316 2.0 314 90 4 986 30 15 18 36 1.91
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
29782--29956 87 2.0 87 100 0 350 35 16 14 33 1.89
33725--33901 88 2.0 88 100 0 354 32 12 19 35 1.89
36649--36682 15 2.3 15 100 0 68 32 11 0 55 1.36
37456--37532 38 2.0 38 100 0 154 41 10 19 28 1.84
37847--37934 43 2.0 43 100 0 176 23 34 10 31 1.88
43680--43893 112 1.9 112 98 0 410 45 14 10 29 1.78
44251--44302 25 2.1 25 100 0 104 36 15 15 32 1.89
47619--47712 46 2.0 46 100 0 188 40 11 10 37 1.77
47935--48082 74 2.0 74 100 0 296 31 8 10 50 1.66
49159--49210 21 2.5 21 93 0 86 36 34 7 21 1.82
50055--50326 137 2.0 137 99 0 535 31 16 20 30 1.95
51867--52247 193 2.0 192 99 0 753 41 13 12 32 1.83
52393--52485 3 31.0 3 100 0 186 33 0 0 66 0.92
52684--52724 19 2.2 19 100 0 82 41 14 19 24 1.89
58340--58435 43 2.3 43 96 1 176 37 16 13 32 1.88
58923--59009 43 2.0 43 100 0 174 51 11 22 13 1.73
59165--59265 33 3.1 33 100 0 202 42 17 21 17 1.89
59532--59676 33 4.2 35 89 7 226 28 19 25 26 1.99
59532--59676 69 2.1 69 100 0 290 28 19 25 26 1.99
59688--59723 12 3.0 12 95 0 63 16 16 30 36 1.91
59677--59745 30 2.3 30 84 0 84 14 17 28 39 1.89
59790--59848 27 2.2 27 96 0 109 33 18 27 20 1.96
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
60779--60860 41 2.0 41 100 0 164 36 2 19 41 1.65
62264--62630 183 2.0 184 98 0 718 37 11 11 39 1.78
65195--65359 83 2.0 82 100 0 321 38 7 23 30 1.81
65499--65553 26 2.1 26 100 0 110 41 14 10 32 1.81
65511--65566 26 2.2 26 83 6 69 42 14 8 33 1.77
65775--65875 50 2.0 50 100 0 202 21 30 11 35 1.90
69440--69653 107 2.0 107 97 1 403 35 8 12 43 1.74
70005--70034 12 2.6 12 94 5 53 56 6 0 36 1.26
70132--70219 42 2.1 42 100 0 176 38 28 12 20 1.89
70147--70242 21 4.6 21 84 5 140 35 30 13 20 1.91
70438--70513 21 3.6 21 96 0 134 56 10 10 22 1.63
70503--70595 15 6.2 15 94 0 159 43 18 12 25 1.86
70607--70703 21 4.6 21 92 5 160 55 11 10 22 1.65
70693--70755 15 4.2 15 93 0 99 46 19 9 25 1.80
73250--73328 38 2.1 38 100 0 158 40 17 10 31 1.83
75194--75238 22 2.0 22 100 0 90 24 31 8 35 1.86
76558--76648 45 2.0 45 100 0 182 59 15 7 17 1.59
77502--77560 28 2.1 28 100 0 118 37 11 16 33 1.86
78295--78359 32 2.0 32 100 0 130 41 12 9 36 1.75
81275--81340 32 2.1 32 100 0 132 39 9 24 27 1.85
82520--82588 17 4.0 17 85 10 104 13 18 5 62 1.50
82525--82599 35 2.1 35 100 0 150 14 18 5 61 1.52
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
82522--82597 17 4.4 17 82 12 93 13 21 5 60 1.52
83307--83331 13 1.9 13 100 0 50 20 16 0 64 1.30
84651--84721 35 2.0 35 100 0 142 19 19 11 49 1.78
86428--86485 27 2.1 27 100 0 116 43 18 6 31 1.77
87979--88105 39 3.3 39 62 20 95 35 13 13 37 1.84
87979--88131 76 2.0 76 100 0 306 37 13 15 33 1.86
88852--88980 21 6.1 21 100 0 258 53 13 27 4 1.60
90010--90173 82 2.0 82 97 0 310 26 17 24 31 1.97
90237--90354 21 5.5 22 73 14 93 15 15 11 58 1.63
90237--90367 66 2.0 66 100 0 262 16 18 10 54 1.69
91850--91921 24 3.0 24 97 0 135 36 20 13 29 1.92
92268--92401 18 7.4 18 93 0 223 20 5 52 21 1.65
92268--92401 54 2.5 54 98 0 259 20 5 52 21 1.65
93182--93267 44 2.0 44 100 0 172 27 6 40 24 1.81
93262--93315 15 3.6 15 89 0 72 37 3 33 25 1.74
94716--94820 21 5.0 21 100 0 210 42 4 23 28 1.74
94971--95069 49 2.0 49 100 0 198 31 18 18 32 1.95
101865--101903 19 2.1 19 100 0 78 35 5 23 35 1.77
102565--102628 32 2.0 32 96 0 119 28 20 28 23 1.99
110155--110200 23 2.0 23 100 0 92 21 47 13 17 1.81
110384--110504 59 2.1 59 98 0 233 31 28 23 17 1.97
111306--111340 18 1.9 18 100 0 70 22 28 2 45 1.67
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
111431--111503 3 24.3 3 100 0 146 32 0 0 67 0.91
114029--114076 23 2.1 23 100 0 96 31 4 14 50 1.62
121053--121103 24 2.1 24 100 0 102 29 15 19 35 1.93
121978--122033 26 2.2 26 100 0 112 30 23 14 32 1.94
123913--123995 41 2.0 41 100 0 166 22 14 16 45 1.84
124399--124455 30 1.9 30 85 0 78 40 12 10 36 1.77
124393--124564 54 3.2 54 67 15 165 37 13 13 35 1.85
124371--124586 108 2.0 108 100 0 432 36 14 13 35 1.86
124507--124563 30 1.9 30 85 0 78 40 12 10 36 1.77
127785--127819 18 1.9 18 100 0 70 45 2 28 22 1.67
128621--128741 59 2.1 59 98 0 233 17 23 28 31 1.97
128925--128970 23 2.0 23 100 0 92 17 13 47 21 1.81
136497--136560 32 2.0 32 96 0 119 23 28 20 28 1.99
137222--137260 19 2.1 19 100 0 78 35 23 5 35 1.77
144056--144154 49 2.0 49 100 0 198 32 18 18 31 1.95
144305--144409 21 5.0 21 100 0 210 28 23 4 42 1.74
145811--145863 15 3.5 15 92 0 79 26 33 3 35 1.75
145811--145874 30 2.1 30 82 5 76 25 35 4 34 1.77
145858--145943 44 2.0 44 100 0 172 24 40 6 27 1.81
146724--146857 18 7.4 18 93 0 223 21 52 5 20 1.65
146724--146857 54 2.5 54 98 0 259 21 52 5 20 1.65
147204--147275 24 3.0 24 97 0 135 29 13 20 36 1.92
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
148771--148893 21 5.7 22 70 14 87 59 10 15 14 1.61
148758--148888 66 2.0 66 100 0 262 54 10 18 16 1.69
148762--148907 24 6.6 23 66 20 87 55 10 17 16 1.69
148762--148907 66 2.2 66 93 2 249 55 10 17 16 1.69
148952--149115 82 2.0 82 97 0 310 31 24 17 26 1.97
150145--150273 21 6.1 21 100 0 258 4 27 13 53 1.60
150994--151146 76 2.0 76 100 0 306 33 15 13 37 1.86
----------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- ---------
Tables: 1
The End!