NC_050170.1.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: NC_050170.1 Cyperus rotundus isolate XFZ01 chloroplast, complete genome Parameters: 2 7 7 80 10 50 500 Length: 186119 Tables: 1 2 This is table 1 of 2 ( 123 repeats found ) Click on indices to view alignment Table Explanation ---------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- --------- Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 114--144 16 1.9 16 100 0 62 32 16 0 51 1.44 2715--2797 41 2.0 41 95 0 148 48 3 1 46 1.27 4432--4456 11 2.3 11 100 0 50 44 0 0 56 0.99 4470--4497 11 2.5 11 100 0 56 28 7 7 57 1.52 7358--7382 12 2.1 12 100 0 50 76 0 8 16 1.02 16192--16313 39 3.0 39 88 8 163 25 23 9 41 1.83 16258--16286 15 1.9 15 100 0 58 27 20 3 48 1.66 18924--18973 24 2.1 24 100 0 100 56 0 16 28 1.41 19269--19319 23 2.2 24 92 3 86 62 9 9 17 1.52 19666--19693 14 2.0 14 100 0 56 28 21 7 42 1.79 21232--21285 21 2.4 22 81 9 65 14 3 16 64 1.42 21249--21287 17 2.3 17 95 0 69 12 5 17 64 1.46 26980--27097 59 2.0 59 100 0 236 27 23 22 27 1.99 29197--29224 14 2.0 14 100 0 56 21 35 21 21 1.96 30380--30421 9 4.7 9 87 0 66 11 16 14 57 1.66 30380--30421 18 2.3 18 95 0 75 11 16 14 57 1.66 34212--34247 18 2.0 18 94 0 63 55 19 8 16 1.66 38849--38917 33 2.1 33 91 0 111 28 26 8 36 1.86 41119--41148 14 2.1 14 93 0 51 26 16 13 43 1.85 42262--42303 2 21.5 2 87 4 59 50 0 2 47 1.14 42273--42301 15 1.9 15 100 0 58 48 0 0 51 1.00 44402--44468 24 2.8 24 95 0 116 59 5 19 14 1.56 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 47849--47881 17 1.9 17 100 0 66 54 12 21 12 1.69 50331--50370 20 2.0 20 95 0 71 42 5 5 47 1.47 52166--52195 15 2.0 15 100 0 60 53 20 0 26 1.46 53250--53295 21 2.2 22 88 11 71 36 8 10 43 1.71 53398--53446 13 3.7 14 82 17 61 55 0 0 44 0.99 53692--53722 15 2.1 15 100 0 62 19 12 0 67 1.22 56088--56119 16 2.0 16 100 0 64 18 12 12 56 1.67 56692--56731 20 2.0 20 100 0 80 45 20 0 35 1.51 58047--58072 12 2.2 12 100 0 52 30 19 15 34 1.93 58174--58202 15 1.9 15 100 0 58 27 20 3 48 1.66 62292--62316 12 2.1 12 100 0 50 32 16 8 44 1.76 63415--63457 19 2.4 17 85 14 68 30 11 0 58 1.34 63421--63459 19 2.1 19 100 0 78 30 10 0 58 1.31 65228--65266 19 2.1 19 90 0 60 48 2 7 41 1.45 66324--66464 73 1.9 73 88 2 212 13 19 10 56 1.65 66471--66537 16 4.1 16 92 1 98 25 7 8 58 1.55 66453--66496 22 2.0 22 100 0 88 27 4 9 59 1.48 69015--69836 48 17.2 48 92 0 1281 20 20 13 45 1.84 69366--69442 23 3.3 23 64 25 61 20 23 9 46 1.79 70476--70501 12 2.2 12 100 0 52 26 7 7 57 1.54 72070--72103 16 2.1 16 89 10 52 29 35 14 20 1.93 79224--79279 26 2.2 25 93 6 103 58 0 26 14 1.36 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 79420--79466 22 2.1 22 100 0 94 61 0 4 34 1.15 79542--79570 14 2.1 14 100 0 58 48 6 24 20 1.74 79857--79908 23 2.2 24 83 10 63 61 7 11 19 1.53 80426--80463 19 2.1 18 95 5 67 26 7 15 50 1.72 80631--80659 14 2.1 14 100 0 58 55 6 6 31 1.53 81244--81310 34 2.0 33 85 8 91 43 1 4 50 1.31 83767--83805 19 2.0 20 85 14 55 46 5 5 43 1.48 84067--84104 2 19.5 2 84 15 53 50 2 0 47 1.15 84070--84104 13 2.8 13 91 4 54 48 2 0 48 1.16 84346--84372 13 2.1 13 100 0 54 33 14 14 37 1.88 84698--84739 21 2.0 21 100 0 84 47 14 4 33 1.65 84727--84753 13 2.1 13 100 0 54 51 14 0 33 1.43 84933--84968 12 3.0 12 87 0 54 41 5 11 41 1.64 88901--88941 21 2.0 21 95 0 73 36 4 17 41 1.71 92235--92297 30 2.1 30 93 0 108 34 20 7 36 1.82 92695--92721 12 2.2 12 100 0 54 0 7 25 66 1.17 98773--98810 19 2.0 19 89 0 58 18 18 13 50 1.78 99485--99532 20 2.4 20 86 6 62 64 0 2 33 1.05 100711--100833 18 6.0 18 82 16 102 30 9 0 59 1.35 100704--100820 24 5.3 23 81 17 135 29 8 0 60 1.32 100705--100833 42 3.0 44 74 26 134 30 9 0 59 1.34 100705--100833 66 2.0 64 92 6 215 30 9 0 59 1.34 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 101109--101199 45 2.0 45 100 0 182 62 15 4 17 1.48 101120--101191 23 3.2 23 64 25 62 63 15 4 16 1.45 101129--101199 22 3.2 22 64 25 58 66 15 4 14 1.40 101130--101202 21 3.3 21 66 23 60 64 15 5 15 1.46 103136--103193 27 2.1 27 93 6 100 44 6 13 34 1.71 103806--103847 20 2.1 20 86 0 57 40 7 9 42 1.65 105514--105557 22 2.0 22 95 0 79 27 15 13 43 1.85 106448--106485 19 2.0 19 100 0 76 36 0 10 52 1.36 106986--107054 21 3.1 21 62 18 50 39 10 10 40 1.73 106978--107073 45 2.1 45 84 3 122 38 11 9 40 1.74 109044--109074 15 2.1 15 100 0 62 35 19 6 38 1.77 110730--110767 18 2.0 20 85 10 53 44 10 5 39 1.61 110986--111023 19 2.0 19 100 0 76 15 10 10 63 1.52 115664--115702 18 2.2 18 90 0 60 48 10 2 38 1.51 115676--115712 18 2.2 18 85 9 51 48 13 0 37 1.43 117363--117412 24 2.1 24 100 0 100 60 8 12 20 1.57 118765--118830 27 2.4 27 84 0 87 34 28 10 25 1.89 119399--119512 27 4.2 27 78 8 124 36 25 17 20 1.94 119413--119526 54 2.1 54 85 3 158 36 25 19 18 1.94 119442--119526 27 3.2 26 81 6 107 35 28 18 17 1.94 122349--122387 19 2.1 19 90 0 60 48 2 7 41 1.45 122683--122716 14 2.5 14 85 4 52 41 8 20 29 1.82 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 127559--127608 25 2.0 25 96 0 91 30 4 14 52 1.59 128296--128330 17 2.1 17 100 0 70 25 17 5 51 1.67 128822--128865 21 2.1 21 95 0 79 38 11 4 45 1.61 130294--130325 16 2.0 16 100 0 64 43 12 6 37 1.68 130626--130673 17 2.7 18 83 6 71 52 4 4 39 1.40 132913--132971 9 6.4 9 80 9 66 13 5 11 69 1.34 132913--132971 27 2.2 27 84 6 75 13 5 11 69 1.34 133008--133118 18 6.4 17 80 9 100 5 17 7 70 1.29 133009--133120 54 2.1 54 81 6 129 5 17 7 69 1.31 133004--133120 36 3.3 36 80 9 125 5 17 6 70 1.27 134710--134749 21 1.9 21 100 0 80 42 0 5 52 1.23 141711--141750 20 2.0 20 100 0 80 25 20 5 50 1.68 141768--141799 16 2.0 16 100 0 64 37 6 6 50 1.53 143727--143766 21 1.9 21 100 0 80 30 25 20 25 1.99 145276--145315 21 1.9 21 100 0 80 30 25 20 25 1.99 146357--146401 22 2.0 22 91 0 72 24 2 11 62 1.40 148673--148704 10 3.3 10 91 8 57 40 0 28 31 1.57 151968--152034 24 2.8 24 95 0 116 14 19 5 59 1.56 154133--154174 2 21.5 2 87 4 59 47 2 0 50 1.14 154135--154163 15 1.9 15 100 0 58 51 0 0 48 1.00 155288--155317 14 2.1 14 93 0 51 43 13 16 26 1.85 155959--156012 18 2.8 20 72 11 58 50 7 11 31 1.66 Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy Size Number Size Matches Indels (0-2) 157519--157587 33 2.1 33 91 0 111 36 8 26 28 1.86 162189--162224 18 2.0 18 94 0 63 16 8 19 55 1.66 166019--166053 9 3.9 9 92 0 52 60 14 14 11 1.60 166015--166056 18 2.3 18 95 0 75 57 14 16 11 1.66 167212--167239 14 2.0 14 100 0 56 21 21 35 21 1.96 169339--169456 59 2.0 59 100 0 236 27 22 23 27 1.99 175149--175187 17 2.3 17 95 0 69 64 17 5 12 1.46 175161--175204 21 2.0 22 86 4 63 68 18 2 11 1.30 176743--176770 14 2.0 14 100 0 56 42 7 21 28 1.79 177117--177167 23 2.2 24 92 3 86 17 9 9 62 1.52 ---------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- --------- Tables: 1 2