NC_060312.1.fas.2.7.7.80.10.50.500.1.html
Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.
Sequence: NC_060312.1 Codonopsis pilosula chloroplast, complete sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length: 170667
Tables: 1
This is table 1 of 1 ( 84 repeats found )
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Table Explanation
----------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- ---------
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
5232--5319 39 2.3 39 95 0 158 50 2 4 43 1.35
5962--6068 36 3.0 36 100 0 214 46 11 22 19 1.81
6513--6562 25 2.0 25 96 0 91 50 8 10 32 1.65
7934--7966 14 2.3 15 89 5 50 60 9 3 27 1.42
53568--53595 13 2.2 13 100 0 56 42 21 7 28 1.79
64118--64183 15 4.2 15 81 11 87 36 12 12 39 1.80
64181--64212 2 16.5 2 93 6 57 50 0 0 50 1.00
64182--64211 15 2.0 15 100 0 60 46 0 0 53 1.00
64184--64209 13 2.0 13 100 0 52 46 0 0 53 1.00
67292--67338 2 23.5 2 87 8 69 51 0 2 46 1.13
72197--72253 21 2.7 21 86 0 69 59 7 24 8 1.52
77047--77071 13 1.9 13 100 0 50 72 0 0 28 0.86
77356--77393 19 2.0 20 94 5 69 26 2 10 60 1.43
78791--78832 3 14.0 3 100 0 84 0 33 0 66 0.92
81138--81358 118 1.9 118 86 3 322 50 9 9 29 1.68
81132--81504 60 6.2 58 75 11 281 50 8 9 32 1.64
81108--81373 118 2.3 113 77 9 301 48 9 11 30 1.70
81242--81477 125 1.9 127 81 4 289 50 8 10 31 1.65
81656--81916 81 3.2 81 100 0 522 47 7 10 34 1.65
86320--86404 39 2.2 39 85 4 118 28 8 9 54 1.61
88321--88454 36 3.7 36 96 0 241 47 8 11 32 1.70
88349--88446 21 4.2 22 67 22 67 47 6 12 33 1.65
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
88399--88539 57 2.5 57 96 0 264 46 11 10 31 1.74
88435--88532 21 5.0 21 75 18 111 45 13 10 30 1.76
88324--88540 93 2.3 94 79 7 280 46 10 11 32 1.74
89698--89949 63 4.0 63 98 0 486 32 14 22 31 1.93
91854--91955 48 2.1 48 98 0 195 39 18 14 27 1.90
91876--91950 22 3.2 22 64 14 60 40 14 14 30 1.86
92172--92231 30 2.0 30 90 0 93 43 20 8 28 1.80
92796--92845 21 2.4 21 89 0 82 28 34 8 30 1.86
101080--101114 18 1.9 18 100 0 70 20 17 17 45 1.85
105589--105619 8 3.9 8 95 0 53 74 0 16 9 1.07
110089--110117 15 1.9 15 100 0 58 79 0 13 6 0.93
113599--113662 33 1.9 33 83 0 83 45 10 10 32 1.74
113650--113732 33 2.5 33 80 7 107 53 13 13 20 1.73
113713--113812 42 2.4 42 91 0 164 49 10 13 28 1.73
114282--114638 36 10.9 36 79 20 453 45 15 24 15 1.84
114382--114627 27 8.1 27 78 21 249 46 16 23 13 1.82
114346--114638 63 4.7 63 100 0 586 45 15 24 14 1.83
114282--114638 126 2.8 126 95 3 624 45 15 24 15 1.84
114874--115092 42 5.2 42 94 0 375 39 7 26 26 1.82
115146--115310 9 18.3 9 80 0 114 54 10 33 1 1.45
115148--115298 18 8.9 18 73 12 149 52 10 35 1 1.47
115166--115307 63 2.3 63 94 0 248 52 10 34 2 1.48
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
115146--115307 36 4.5 36 80 0 171 53 10 33 1 1.46
117377--117437 30 2.0 30 96 0 113 52 8 13 26 1.67
117579--117887 21 14.8 20 84 5 305 49 4 26 19 1.68
117580--117887 84 3.7 84 87 4 363 49 4 26 19 1.68
117854--117920 33 2.0 33 91 0 107 53 1 23 20 1.54
117909--117985 21 3.7 21 100 0 154 48 7 23 20 1.76
117888--117984 42 2.3 43 89 5 153 49 7 24 18 1.73
119328--119446 57 2.1 56 95 1 211 53 10 16 19 1.71
124883--124920 19 2.0 19 85 10 51 44 2 0 52 1.14
128896--128920 12 2.1 12 100 0 50 52 0 8 40 1.31
137656--137774 57 2.1 56 95 1 211 19 16 10 53 1.71
139117--139193 21 3.7 21 100 0 154 20 23 7 48 1.76
139117--139214 42 2.3 42 91 3 153 19 24 7 48 1.73
139182--139248 33 2.0 33 91 0 107 20 23 1 53 1.54
139215--139522 21 14.7 21 84 3 343 19 26 4 49 1.68
139665--139725 30 2.0 30 96 0 113 26 13 8 52 1.67
141792--141956 9 18.3 9 80 0 114 1 33 10 54 1.45
141804--141954 18 8.9 18 76 11 149 1 35 10 52 1.47
141822--141956 27 5.0 27 80 0 153 1 34 10 53 1.44
141795--141956 36 4.5 36 80 0 171 1 33 10 53 1.46
141795--141936 63 2.3 63 94 0 248 2 34 10 52 1.48
142010--142228 42 5.2 42 94 0 375 26 26 7 39 1.82
Indices Period Copy Consensus Percent Percent Score A C G T Entropy
Size Number Size Matches Indels (0-2)
142475--142720 27 8.1 27 78 21 249 13 23 16 46 1.82
142502--142820 36 9.6 36 82 17 440 15 23 15 45 1.84
142464--142820 63 5.5 63 96 3 624 15 24 15 45 1.84
142565--142822 99 2.6 101 81 10 368 15 24 15 45 1.83
143296--143389 42 2.2 42 94 0 161 28 13 10 46 1.77
143372--143446 33 2.3 32 84 9 89 20 13 12 54 1.70
143440--143503 33 1.9 33 83 0 83 32 10 10 45 1.74
146985--147013 15 1.9 15 100 0 58 6 13 0 79 0.93
151483--151513 8 3.9 8 95 0 53 9 16 0 74 1.07
155988--156022 18 1.9 18 100 0 70 45 17 17 20 1.85
164261--164306 21 2.2 21 92 0 74 30 8 34 26 1.86
165162--165233 22 3.1 22 62 14 54 26 13 15 44 1.84
165147--165248 48 2.1 48 98 0 195 27 14 18 39 1.90
167153--167404 63 4.0 63 98 0 486 31 22 14 32 1.93
168570--168667 21 5.0 21 75 18 111 30 10 13 45 1.76
168656--168753 21 4.2 22 67 22 67 33 12 6 47 1.65
168648--168781 36 3.7 36 96 0 241 32 11 8 47 1.70
168563--168703 57 2.5 57 96 0 264 31 10 11 46 1.74
----------------------------------- -------- -------- ----------- --------- --------- ------- ---- ---- ---- ---- ---------
Tables: 1
The End!